Популяция животных отдельных видов, занимающая естественный участок ландшафта, находится в тесном контакте с флорой и фауной (биоценоз), непосредственно связана с ними и зависит от среды обитания, что в комплексе составляет биогеоценоз.
В 1930—1940 гг. ученые, изучая эпидемиологию и эпизоотологию различных болезней человека и животных во многих регионах страны, обнаружили ряд инфекционных и инвазионных болезней в дикой природе, с которой ранее человек не имел контакта. Е. Н. Павловский с сотрудниками разработал на примере заболеваний человека учение о природной очаговости болезней. Например, в Каракумах — это лейшманиоз (возбудитель — жгутиковые простейшие), в тайге Дальнего Востока — клещевой энцефалит (возбудитель — вирус). Возбудителем лейшманиоза (Leischmania tropica) в естественных ландшафтах Каракумов были заражены грызуны (хомяк, большая песчанка, пеструшка и др.) — природный резервуар. Этот возбудитель среди грызунов передается только при помощи кровососущих насекомых — москитов, обитающих в норках грызунов. При нападении они высасывают кровь вместе с паразитами. В дальнейшем в теле насекомых простейшие развиваются и при повторном нападении на животных москиты инокулируют возбудителей в организм грызунов Таким образом, подобный род пассажа возбудителя между грызунами и москитами происходит в течение ряда лет, пока не изменится порядок существования тех или иных компонентов биогеоценоза.
Природная очаговость установлена для многих инвазионных и инфекционных болезней в ряде стран Европы. Например, в Югославии — очаги клещевого энцефалита, Польше — лептоспироза, Болгарии — Ку-лихорадки, марсельской лихорадки, лептоспироза, бруцеллеза, туляремии.
Для многих возбудителей болезней резервуарами могут служить домашние животные, синантропные грызуны и птицы. Так, Ку-лихорадка, обнаруженная в 33 районах Болгарии, встречалась у коров, коз, овец, мулов, лошадей, кур, гусей, уток и сусликов. Животные здесь были резервуарами возбудителей при заражении людей. Передача инфекции осуществляется различными путями. Из клещей-переносчиков выявлены R. sanguineus и Н. plumbeum.
Таким образом, природно-очаговая болезнь может иметь очаг и в зоне деятельности человека. Носители возбудителей болезней, так называемые синантропные носители, обитают в животноводческих постройках, вблизи жилых домов и т. д., например ласточки, воробьи, вороны, грызуны.
Большой интерес представляют такие природно-очаговые гельминтозы, как эхинококкоз, альвеококкоз, описторхоз, трихинеллез, и др. Во многих районах Севера между рыбой и дикими плотоядными циркулирует возбудитель описторхоза, связующим звеном служит промежуточный хозяин — пресноводный моллюск. В отдельных регионах особое значение имеет альвеококкоз, где между грызунами и дикими плотоядными существует пищевая связь. Такая же ситуация создается при трихинеллезе, когда в природе между кабанами, грызунами и хищниками есть естественная пищевая связь, а трихинеллы передаются от одного к другому из года в год. Человек заражается инвазией или инфекцией, имеющей природную очаговость, в том случае, когда он в результате своей деятельности внедряется в природный неблагополучный комплекс.
В составе учения о природной очаговости болезней Е. Н. Павловским разработана теория о трансмиссии (от лат. trans — сквозь, через) возбудителей инфекций и инвазий. Возбудители многих заболеваний передаются от больных (доноров) к здоровым (реципиентам) через укусы кровососущих насекомых и паукообразных. Примерами служат возбудители трипаносомоза верблюдов, пироплазмидозов крупного и мелкого рогатого скота, которые передаются соответственно слепнями и иксодовыми клещами. Возбудитель таежного энцефалита, Ку-лихорадки и др. передается иксодовыми клещами во время их нападения на животных и человека. Такого рода природно-очаговые инфекции и инвазии называются трансмиссивными природно-очаговыми заболеваниями. Их можно подразделить на облигатно-трансмиссивные (возбудитель передается специфическим переносчиком) и факультативно-трансмиссивные (возбудитель передается как через специфического переносчика, так и через воду, почву, корма и т. п.).
Из сказанного выше видно, что борьба с различными заболеваниями должна проводиться с учетом многих факторов, связанных с количественным составом видов возбудителей в данном биоценозе, видов доноров возбудителя и их переносчиков. Зная наиболее уязвимые звенья цепи природно-очаговых болезней, можно направить усилия специалиста на уничтожение переносчиков или доноров, а в иных случаях иммунизировать реципиентов — сельскохозяйственных животных, имеющих контакт с очагом.